Die Universität wird von einem Rektorat geleitet, dem der Rektor, der Prorektor für Bildung, der Prorektor für Wissenschaft und die Kanzlerin angehören. Der Rektor ist der Vorsitzende des Rektorates und vertritt die Universität nach außen. Rektor und Prorektoren sollen drei unterschiedlichen Fakultäten angehören.
Der Prorektor für Bildung leitet in ständiger Vertretung des Rektors den Senatsausschuss für Studium und Lehre (Studienausschuss). Der Prorektor für Wissenschaft und Forschung leitet in ständiger Vertretung des Rektors den Senatsausschuss für Forschung und wissenschaftlichen Nachwuchs (Forschungsausschuss). Die Kanzlerin ist die leitende Beamtin der Hochschulverwaltung und Beauftragte für den Haushalt. Sie leitet als ständige Vertreterin des Rektors den Senatsausschuss für Hochschulentwicklung und Qualitätssicherung.
Dem Rektorat direkt unterstellt sind der Pressesprecher und die Pressestelle.
Der Rektor
Univ.-Prof. Dr. rer. nat. habil. Dr. h. c. Prof. h. c. Peter Scharff
